Этапы развития школы:
1953 год – секция спортивной гимнастики Республиканского общества «Нефтяник».
1961 год – секция спортивной гимнастики спортивного клуба «Салават Юлаев».
1970 год – отделение спортивной гимнастики в комплексной ДЮСШ Областного совета ДСО «Труд».
1985 год – самостоятельная ДЮСШ Областного совета ДСО «Труд».
1987 год – ДЮСШ при ВДФСО профсоюзов.
1990 год — утверждено наименование «Специализированная детско-юношеская школа Олимпийского резерва».
1993 год – в соответствии с распоряжением Совета Министров РБ № 412-р от 31.03.1993 г. школа передана в ведение Кировского района. Специализированная детско-юношеская школа Олимпийского резерва №16 Кировского РОНО г. Уфы.
2006 год – постановлением главы Администрации городского округа г. Уфа РБ №338 от 09.02.2006 г. «МОУ ДОД СДЮСШОР №16 по спортивной гимнастике Кировского района городского округа город Уфа Республики Башкортостан».
2011 год — с 15 августа 2011 года школа из отдела образования Кировского района передана в ведомство Комитета по физической культуре и спорту Администрации городского округа город Уфа РБ и переименована в Муниципальное бюджетное образовательное учреждение дополнительного образования детей «Специализированная детско-юношеская спортивная школа Олимпийского резерва № 16 по спортивной гимнастике» городского округа город Уфа Республики Башкортостан.
МБОУДОД СДЮСШОР № 16 единственная специализированная школа в городе Уфе, которая культивирует спортивную гимнастику, поэтому дети школы – это дети детских садов и общеобразовательных школ из 7 районов города Уфы. С 01.11.2016 года школа переименована в МБУ СШ № 16 по спортивной гимнастике городского округа город Уфа РБ.
Основателем и первым руководителем школы по спортивной гимнастике с 1990 по 2009 гг. являлся Некрасов Виктор Борисович.
За большой вклад в развитие спортивной гимнастики и пропаганду здорового образа жизни Виктору Борисовичу присуждены почетные звания: «Заслуженный тренер России», «Заслуженный работник физической культуры РБ», «Лучший тренер РБ», «Лучший работник физической культуры РБ», «Отличник физической культуры РБ», награжден знаком «За заслуги в развитии физической культуры и спорта России», и многими другими медалями СССР, ветеран Великой Отечественной войны, судья Всесоюзной и Международной категории.
Весомый вклад в жизнь школы вложила выпускница школы Мастер спорта по спортивной гимнастике, судья Республиканской категории Баишева Гульнара Вилевна, окончившая Московский Областной Государственный институт физической культуры. По возвращению в родную школу в 1989 году начала свой профессиональный путь в должности инструктора-методиста, затем заместителя директора по учебно-воспитательной работе.
С июня 2009 года — Баишева Гульнара Вилевна — директор МБУ СШ № 16, за свой вклад в развитие спортивной гимнастики в Республики Башкортостан ей присвоены почетные звания: «Лучший работник физической культуры и спорта РБ» и «Отличник образования РБ».